软件定制开发与模板开发是软件开发领域的两种主要方式，它们在多个方面存在显著差异：

一、功能方面

软件定制开发从零开始，根据客户的具体需求进行设计和开发，能够实现高度个性化的功能，满足企业的独特业务流程和用户需求。相比之下，模板开发则基于已有的模板进行快速搭建，功能相对固定，个性化程度有限。模板通常提供了一套基础的功能框架，但难以满足所有企业的独特需求。

二、成本方面

由于模板开发基于现有模板，无需从零开始设计，因此开发成本相对较低，适合预算有限、希望快速上线的企业。而定制开发则需要经历需求分析、设计、开发、测试等多个阶段，投入的人力资源和时间较多，因此成本相对较高。但长期来看，定制开发可能因提高效率和降低维护成本而更具经济效益。

三、灵活性方面

定制开发在灵活性方面更具优势。由于软件是根据客户需求开发的，因此在设计之初就会考虑到未来的扩展性和维护性。企业可以自主进行后续的维护和升级工作，并随时根据业务需求进行调整。而模板开发则可能受到模板提供商的限制，当需要添加新功能或进行重大更改时，可能需要依赖模板提供商的技术支持。

四、安全性方面

定制开发由于软件是为客户量身定制的，代码和数据都掌握在客户手中，因此安全性更高。而模板开发由于模板可能被多家企业使用，存在潜在的安全风险。一旦模板存在漏洞或安全问题，可能会影响所有使用该模板的企业。

综上所述，软件定制开发与模板开发在功能、成本、灵活性和安全性等方面存在显著差异。企业在选择时应根据自身的实际需求和预算情况来权衡利弊，选择最适合自己的开发方式。